さくらインターネットのコントロールパネルから利用できるファイルマネージャでも、圧縮・展開操作は可能なようだ。(下図の緑色矢印の先)

なら、CGIの構成ファイル全部を収めたZIPを、ZIPのままアップロードして、サーバ上で展開する方法でも問題はなさそう。なお、パーミッションを変更するのは、上図の黄色矢印の先にある「プロパティ」から。

数値でもチェックでもどちらでも指定できる。